黄芩是我国传统常用中草药之一，有清热燥湿、镇静止痒、抗菌消炎的作用。黄芩素有抗炎与抗变态的作用，通过抑制人体内的一些巯基酶，减少抗原体反应时化学介质的释放量，从而抑制变态反应，对组织胺引起的被动性全身过敏、被动性皮肤过敏及皮肤反应都有抑制作用，能缓和化学添加剂对皮肤的刺激过敏作用，缓解皮肤的紧张程度，能抑制过敏性水肿及炎症。黄芩素有广谱的抗菌作用,对金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、绿脓杆菌、多种皮肤制病性真菌均有不同强度的抑制作用,其中对金黄色葡萄球菌和绿脓杆菌的抑制作用最强,皮肤科用于治疗由湿热而引起的皮肤病如皮炎、湿疹及红斑等，口腔卫生用品中用入作为抗菌剂。黄芩黄素能强烈吸收紫外线，清除氧自由基，作用与SOD相似，同时又能抑制黑色素的生成，可用于增白霜。可抑制睾丸激素5a-还原酶活性，制成酊剂用于治疗男性脱发。